Nach den historischen Angaben stammt das Kupfer mit großer Wahrscheinlichkeit aus dem Bergbaubezirk von Neusohl im Slowakischen Erzgebirge. Die Fugger-Dynastie zu Zeiten des Anton Fugger, als die Bom Jesus gesunken ist, arbeitete tatsächlich schwerpunktmäßig im Bergbaubezirk von Neusohl, dem heutigen Bánska Bystrica, wo große Mengen an Kupfer produziert wurden. Jedoch ist eine Herkunft aus den Lagerstätten des Inntals und/oder aus dem Mansfelder Kupferschiefer nicht definitiv auszuschließen. 

Das Projekt stellt inhaltlich einen Beitrag zum „Ungarischen Handel“ im Montanwesen der Fugger dar sowie eine naturwissenschaftliche Analyse bzw. Interpretation metallurgischer Produkte aus der komplexen frühneuzeitlichen Metallurgie, wie sie bei Georg Agricola und Lazarus Ercker dargestellt sind.

Um die Herkunft des Kupfers zu auch auf analytischem Wege zu verifizieren, wurde ein Teil der Kupferbarren in Namibia beprobt und im Deutschen Bergbau-Museum und im Institut für Geowissenschaften der Goethe-Universität Frankfurt a.M. analytisch untersucht. Es wurden Spurenelemente und Bleiisotopen gemessen. Die Untersuchungen haben ergeben, dass hier Kupfer vorliegt, das nach einer Entsilberung durch den Saigerprozess nochmals eingeschmolzen wurde. Das für den Saigerprozess erforderliche Blei wurde aus Lagerstätten des Bergbaugebietes von Krakau und Umgebung nach Neusohl transportiert. Die Isotopenanalysen haben also die Herkunft des verwendeten Bleis identifiziert, nicht die des Kupfers. Allerdings deutet der geochemische Fingerabdruck des Kupfers darauf, dass dieses mit großer Wahrscheinlichkeit aus dem Slowakischen Erzgebirge stammt. Die Ergebnisse wurden jüngst (12/2016) in der Zeitschrift Journal of African Archaeology publiziert.

Hier besteht eine Verbindung zum Slowakei-Projekt der Montanarchäologie. In diesem Projekt soll unter anderem die Zusammensetzung des in der Bronzezeit produzierten Kupfers ausgearbeitet werden. Es wird sich herausstellen, ob diese Kupfersorte tatsächlich identisch ist mit der im 16. Jahrhundert n.Chr. erzeugten.

Die Untersuchungen der Metallfunde aus dem Schiffswrack der Bom Jesus gehen weiter und werden auf die auf dem Schiff geborgenen Blei- und Zinnbarren ausgedehnt. Hiermit soll ein weiterer Mosaikstein zur Rekonstruktion des Metallhandels im 16. Jahrhundert in Europa und darüber hinaus, nach Afrika und Indien ausgearbeitet werden.